常见问题

什么是转录组测序?

转录组广义上指在某一生理条件下,细胞内所有转录组产物的集合,包括:mRNA、 ncRNA、rRNA等;狭义上指所有mRNA的集合。转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和,主要包括mRNA和ncRNA。转录组具有时间特异性、组织特异性、空间特异性等特点。

普通转录组测序适用于哪些情况?

普通转录组测序主要适用于两大类:一是不同的生长阶段或者发育过程;二是不同的环境、药物、病原菌等逆境胁迫处理。

全转录组测序和全长转录组测序有什么区别?

全转录组测序是基于二代高通量测序进行的,创建两种文库,一种是小 RNA 文库,一种是去核糖体 RNA 文库,分别上机测序,可以获得miRNA、mRNA、lncRNA、circRNA 的信息;全长转录组测序是基于三代高通量测序进行的,可以获得全长的 RNA 信息。

有参转录组测序分析中,与参考基因组的比对效率多高才能够满足后续分析?

与参考基因组的比对效率与多个因素有关,包括基因组组装质量、测序质量、有无污染等;一般来说,与参考基因组的比对效率在70%以上时,该基因组可以满足后续的分析需求。当比对效率低于60%时,需要考虑换参考基因组或者按照无参转录组分析策略进行分析。

做完分析,可以通过怎样的渠道进行沟通交流呢?

可以通过邮箱 marketing@dggene.com 进行项目沟通事宜。

无参转录组和有参转录组的区别?

如果所研究的物种有组装注释质量较好基因组序列,且和该基因组序列比对效率较高,那么可以采用有参转录组的分析策略,直接进行分析。反之,则需要按照无参转录组的分析策略进行转录本组装,构建unigene库,然后进行后续分析。

转录组测序推荐的测序数据量?

转录组测序所需数据量与所研究物种的基因组大小有关,基因组越大,则所需数据量越大。常规物种一般建议6G数据即可。

转录组测序必须做生物学重复么?需要几个重复?

生物学重复是生物实验所必须的,转录组测序也不例外,至少3 次生物学重复。 准备生物重复样品时,通过对实验的预先设计和控制,尽可能将与实验处理无关的背景条件控制在同一水平,减少批次效应对结果的影响。

差异分析的筛选标准默认是多少?是固定不变的么?

差异分析的筛选标准默认为:Fold Change≥2且FDR<0.05。筛选条件要灵活,要根据情况进行参数调整。