全转录组测序


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      基于mRNA 与ncRNA 的相互作用分析预测骨肉瘤化疗耐药过程中相互竞争的内源性RNA网络研究


      非编码RNA 在肿瘤的增殖、转移和化疗抗性中的作用被广泛报道,特别是ceRNAcompeting endogenous RNA )作用机制的转录后调控方式。本研究旨在通过全转录组测序揭示ceRNA 调控网络在骨肉瘤化疗抗性中的作用机制,为发现新的治疗靶点奠定基础。研究对化疗敏感型骨肉瘤细胞系(n=3 )和DXR(化疗药阿霉素)耐药型骨肉瘤细胞系(n=3 )进行全转录组测序,筛选获得差异表达的mRNAlncRNAcircRNA miRNA ,构建ceRNA 调控网络。该研究共鉴定到399 个差异lncRNA80 个差异circRNA2606 个差异mRNA 21 个差异miRNA,然后,对差异的RNA 构建lncRNA-miRNA-mRNAcircRNA-miRNA-mRNA 调控网络,并对其中的mRNA 分别进行GO KEGG 功能富集分析,根据富集到的通路,筛选与抗药相关的mRNA,并利用这些mRNA 构建ceRNA。通过qRT-PCRRIPRNA pull down、双荧光报告系统等手段,对其中的两个ceRNA 网络(lncRNAMEG3/has-miR-200b-3p/AKT2 has_circ_0001258/has-miR-744-3p/GSTM2 )进行了验证,且证实这些网络中的RNA 间结合关系及竞争关系是真实存在的。

      图1 文章研究思路





      2 lncRNA-miRNA-mRNAcircRNA-miRNA-mRNA 调控网络结果


      图3 两个ceRNA 网络的实验验证结果


      参考文献:Zhu K P, Zhang C L, Ma X L, et al. Analyzing the interactions of mRNAs and ncRNAs to predict competing endogenous RNA networks in osteosarcoma chemo-resistance[J]. Molecular Therapy, 2019, 27(3): 518-530.