small RNA测序


    small RNA测序


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      利用比较microRNA-seq分析获得参与红罗非鱼皮肤颜色分化的候选miRNA


      红罗非鱼体色的分化和变异已日益限制其商业价值。目前为止,有关鱼类皮肤颜色分化和变异的microRNA(miRNA )信息有限。本研究对3 个红色罗非鱼品种进行了高通量Illumina测序,获得了81,394,491条raw reads,共鉴定出158 个差异表达的miRNA。颜色相关miRNA 的靶向预测和功能分析表明,多种可能的靶向基因——包括slc7a11、mc1r 和aspi ——在色素沉着中发挥着潜在的作用。研究通过miRNA-mRNA 调控网络阐明色素沉着分化过程,预测miR-138-5p 和miR-722 在调控色素沉着过程中发挥重要作用。这些结果促进了我们对红罗非鱼皮肤色素沉着分化的分子机制的理解。



      图1 小RNA 文库测序概述性结果





      图2 三组间两两差异表达 miRNA(DEMs)结果



      图3 与色素沉着过程相关的miRNA 与其靶基因之间的潜在相互作用网络关系


      参考文献:Lanmei Wang, et al. Comparative microRNA-seq Analysis Depicts Candidate miRNAs Involved in Skin Color Differentiation in Red Tilapi. Int. J. Mol. Sci. 2018, 19, 1209; doi:10.3390/ijms19041209.