全长转录组测序


    全长转录组测序


       产品介绍  


        产品优势




        应用领域



        样本要求



       生信分析



         案例分享    


      利用单分子长读法研究高粱转录组

             真核生物中可变剪接以及APA 增加了转录本及蛋白多样性,具有重要的调控作用,可能帮助植物适应恶劣环境。高粱是一种具有超强抗逆作用的作物,虽然基因组已经测序,但是上述调控机制依然不明。本研究通过单分子测序,研究影响转录复杂性和多样性的AS 和APA,利用pacbio 测序,结合Illumina测序,取干旱胁迫及对照高粱BTx623 籽苗,构建1-2Kb 和2-6Kb 两个文库,分别测序5 个及9 个SMRT cell,获得1.8M reads。研究揭示了转录组全长的亚型,其规模是前所未有的,有11000 多个新的剪接亚型。此外,研究还发现了约11000 个表达基因的APA 和2100 多个新的基因。这些结果极大地丰富了高粱基因的注释,为研究高粱这一重要生物能源作物的基因调控提供了帮助。同时,研究中开发的TAPIS 分析流程将成为一个有用的,处理来自任何生物体Iso-Seq 数据的分析工具。




      图1 研究思路





      图2 可变剪切分析结果




      图3 APA 分析结果


      参考文献:Salah E. Abdel-Ghany, et al. A survey of the sorghum transcriptome using single-molecule long reads. NATURE COMMUNICATIONS | 7:11706 | DOI: 10.1038/ncomms11706 (2016).