LncRNA测序


    LncRNA测序


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      鲤鱼性腺发育早期的潜在调控分子机制研究

      igf3 作为一种新型的 IGF 系统成员,在硬骨鱼性腺发育过程中发挥着重要作用。虽然有研究报道了igf3在鱼类性腺中的异常表达,但 igf3 是否会影响长链非编码RNA( lncRNAs )在性腺中的表达尚不清楚。本研究通过 RNA 干扰建立了 igf3 基因敲除鲤鱼( Cyprinus carpio)模型,然后,对igf3 敲除后的鲤鱼性腺进行RNA 测序,对照组和igf3-dsRNA 干扰组分别获得327,169,410 和306,305,018 的高质量测序数据reads。经分析,得到14199 个lncRNA 和106932 个mRNA,其中,差异表达lncRNA 和mRNA 分别为124 和353 个。本研究数据集为了解igf3 在C. carpio 性腺发育早期的潜在调控分子机制提供了广泛的资源。


      图1 C. carpio 生殖腺中lncRNA mRNA 的鉴定结果





      图2 差异表达lncRNAmRNA的层次聚类热图和火山图结果



      图3 差异表达lncRNA mRNA qRT-PCR 验证结果


      参考文献:Feibiao Song, et al. Long noncoding RNA and mRNA expression profiles following igf3 knockdown in common carp, Cyprinus carpio. Scientific Data volume 6, Article number: 190024 (2019).