您身边的生物信息分析师!

    南京迪康金诺生物技术有限公司

    默认图片
    网站首页 > 新闻资讯 > 公司新闻

    J. Craig Venter:文库制备对宏基因组测序影响很大

    2015-10-30 21:56:48 南京迪康金诺生物技术有限公司 阅读

    我们体内生活着不计其数的微生物,它们组成的生态系统就是微生物组。近年来人们发现这些微生物对人体健康有着重要的影响,微生物组研究因此受到了极大的重视,甚至被称为是人体的“第二基因组”。

    微生物组参与了许多重要的机体功能,比如消化食物、合成营养物质和抵御疾病。许多人类疾病都与微生物组失衡有关。科学家们一直希望了解人体微生物群体之间的相互作用,及其对生理过程的具体影响。然而人类微生物组研究目前还存在许多问题,常常得不到有效结论或者得出的结论相互抵触。造成这一现象的因素很多,包括样本量、样本收集、样本处理等方面的差异。

    过去的微生物组研究主要是进行16S rDNA基因测序。随着测序成本的直线下降,针对整个菌群的宏基因组测序越来越受到青睐,因为这一技术能够提供更全面的基因组和功能信息。

    J. Craig Venter研究所的研究团队在Venter本人的领导下,用不同的二代测序文库制备方法进行宏基因组测序。他们发现,文库制备方法会显著影响人类微生物组研究中的基因组和功能预测。这项研究发表在十月二十八日的美国国家科学院院刊PNAS杂志上。Venter是基因组测序的先行者,还合成了首个人造细胞,被称为“科学狂人”。

    研究人员在宏基因组测序时使用了四种文库制备方法(Illumina Nextera XT、Illumina TruSeq DNA PCR-free试剂盒,KAPA Biosystems Hyper Prep PCR和PCR-free系统),并对测序数据进行了定量和定性分析。

    研究显示,文库制备方法之间的差异会影响宏基因组测序,使结果出现显著的分类学差异,最终得出大相径庭的微生物组研究结论。

    研究人员指出,在通过人类微生物组数据解读人体健康的时候,需要保持实验步骤和数据分析上的一致性。他们推荐PCR-free的文库制备方法,这样的方法可以减少PCR偏好,获得更准确的菌群分类信息。此外,添加已知浓度的细胞对照,有助于准确定量临床样本中的微生物。

    参考文献:Library preparation methodology can influence genomic and functional predictions in human microbiome research

    来源:生物通

    Powered by MetInfo 6.1.0 ©2008-2018 www.metinfo.cn