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    牛! 基因组和转录组同时测序

    2015-05-25 18:47:00 南京迪康金诺生物技术有限公司 阅读

    Nick Navin去年8月在Genome Biology的一篇文章中写道:在不久的将来,将可以对单个癌细胞的基因组和转录组同时测序。现在这个目标已经实现。

    我们怎样从批量样本结果推测出单个细胞的情况?这是分子生物学家面对多年的问题,虽然提供了一些有用的答案,但是最简单的一个是:不能,因为从批量样本终归只能得到群体平均的应答情况。当然群体信息依然是有价值的,但是有些问题在群体水平是无法解决的。

    这导致了近几年单细胞测序的爆发,典型的例子:单细胞测序告诉了我们癌症起源、进化及治疗应答。

    单细胞技术目前最常应用的领域是癌基因组学,但并不意味着这是受益于单细胞测序的唯一领域,这种技术,可以让我们看到某个时间点的单细胞水平的DNA序列或基因表达信息,可以应用到胚胎移植前检测,谱系追踪或者发现稀有细胞类型-最近Sten Linnarsson及同事发表在Science杂志。

    Nick Navin来自德州的单细胞测序专家,去年提到该领域最令人激动的一个进展是能够同时在一个细胞看到DNARNA信息。最近的两篇文章,一篇一月份发表在Nature Biotechnology,一篇4月份发表在Nature Methods,均描述了这种先进的技术。

    一月份,由来自荷兰Hubrecht研究所Alexander van Oudenaarden领导的团队,描述了一种同时扩增DNARNA的技术,不需要事先分离这两种分子。DNARNA仅扩增完成后分离一次。这种新方法称为DR-Seq,与现有的DNAMALBAC)及RNACEL-Seq)相比,值得注意的是DR-Seq一次实验可以得到更多的信息-其他方法无法提供。

    4月底,由Thierry VoetChris Ponting领导的,大部分成员来自英国剑桥大学的团队,报道了另外一种技术:G&T-seq,可以同时并行测序基因组及转录组。DNARNA在扩增及随后测序之前被分离,整个系统是自动化,可以同时进行多个细胞系的全基因组及全转录组测序。作者检测了220个鼠及人的细胞系,显示出DNARNA单独测序无法获得的信息。有些信息已经从批量样本中得到,但是在单细胞水平增加了理解这种现象的另一个层面。

    单细胞技术快速发展,但是DNARNA测序方法依然需要不断提高,单细胞测序所采用方法的不足也是显而易见的。

    三月份,Genome Biology发表了另外一款工具,有望扩展该领域的研究方法,该研究由Nick Navin领衔,描述了一种被称为SNES的新的单细胞核外显子组测序,这种技术在单细胞水平,外显子覆盖度可以达到96%,并且具有较低的等位基因丢失率。同时,具备较高的SNP检测率(92%)和indel检测率(85%)。

    推荐大家去阅读来自Peter Van LooThierry Voet的评论:“Does SNES make sense?”,他们给出了详尽的答案,答案当然是肯定的。

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