您身边的生物信息分析师!

    南京迪康金诺生物技术有限公司

    默认图片
    网站首页 > 新闻资讯 > 公司新闻

    宏基因组测序揭示青春痘的秘密

    2015-06-29 20:57:11 南京迪康金诺生物技术有限公司 阅读

    6月24日《Science Translational Medicine》加州大学洛杉矶分校(UCLA)的最新研究揭示:过去人们一直认为痤疮丙酸杆菌(P. acnes)是痤疮的罪魁祸首,但UCLA的研究人员利用宏转录组分析,发现痤疮患者和健康人的皮肤菌群转录谱并不相同。痤疮患者皮肤上的痤疮丙酸杆菌(P. acnes)中,维生素B12的生物合成通路被显著下调。维生素B12是人类必需的一种营养物质。研究人员认为,宿主的维生素B12可能会改变皮肤菌群的基因活性,进而引发痤疮。

    Vitamin B12 modulates the transcriptome of the skin microbiota in acne pathogenesis.Kang D, et al.Sci Transl Med. 2015 Jun 24

     

    本周测序科研进展

    016月23日《PNAS》刊登了由墨尔本大学一个国际科学家小组的最新研究。该研究涉及世界各地37个研究机构和来自六个国家的300株细菌样本,研究小组解码了肺炎克雷伯菌(KP)基因组,使科学家们获得有价值的数据走在KP演化的前面。

     

    026月25日《Genome Announcements》刊登了复旦大学基础医学院陈力课题组在国际上第一次获得了完整的脑膜脓毒黄杆菌全基因组序列。该完整参考序列将作为脑膜脓毒黄杆菌的标准全基因组参考序列,有效推进脑膜脓毒黄杆菌基础和应用微生物组学及精准医学的研究。

     

    036月18日《Cell》刊登了德克萨斯大学MD安德森癌症中心的研究人员的最新成果。研究人员通过分析从331名患者处获得的样本,根据突变情况定义了4个黑色素瘤亚型:BRAF、RAS、NF1和Triple-WT。该项研究是癌症基因组图谱计划(TCGA)的一个组成部分。

     

    04近日,哈佛大学的研究人员系统地评估了提高CRISPR筛选中单导向RNA(sgRNA)效率的DNA序列特征,并建立了一个新的序列模型,用于预测CRISPR/Cas9基因敲除实验中的sgRNA效率,该成果发表在《Genome Research》。

     

    05近日《Nature》刊登了中科院古脊椎动物与古人类研究所研究人员付巧妹与德国、美国、罗马尼亚等国学者的最新文章。研究人员对一具距今约3.7万年~4.2万年的下颌骨进行了有目的性地大区域核DNA富集实验。研究发现,这个约4万年前的欧洲现代人含有6%~9%左右的尼安德特人基因。

     

    06近期《mBio》刊登了中国科学院微生物研究所刘杏忠课题组与德克萨斯大学休斯顿健康科学中心安志强课题组的合作研究。该研究通过DNA和cDNA序列的比对发现在子囊真菌Glarea lozoyensis中存在一个特殊的基因结构,它由1个聚酮合酶基因(glpks3)和1个非核糖体多肽合成酶基因(glnrps7)构成。

     

    076月18日《Cell》刊登了加州大学圣地亚哥医学院的研究人员的最新发现。研究小组利用了一种新的流行基因编辑技术CRISPR/Cas9来删除了实验室培养的肝癌、乳腺癌和骨癌细胞中的Fam20C基因。发现100多种分泌蛋白的磷酸化作用都受到一个叫做Fam20C的酶的支配。

     

    086月24日《Nature》刊登了巴斯德研究所、法国国家科学研究中心和悉尼大学的科学家们监测了对在几内亚流行的埃博拉病毒株情况。研究人员通过对病毒株进行基因组测序,鉴别出埃博拉病毒遗传变异的特征,揭示出有三种不同的病毒变种在几内亚,尤其是首都的城市区域和附近的市镇同时传播。

     

    096月24日《Nature》刊登了德克萨斯大学MD安德森癌症中心的一项研究。研究表明存在于癌症外泌体(exosomes)上的glypican-1 (GPC1)基因编码蛋白,或许可以作为一种潜在非侵入性诊断和筛查工具的组成部分,用来检测有可能尚处于适合手术治疗阶段的早期胰腺癌。

     

    10近期《Nucleic Acids Research》刊登了日本的一个研究小组开发出一种实时成像方法“Real-time Observation of Localization and EXpression ”。该方法可让研究人员使用MS2转录成像和规律成簇间隔短回文重复(CRISPR)基因显像技术,同时测量内源基因的转录活性和核定位。

     

    116月15日《Oncogene》刊登了上海交通大学医学院附属瑞金医院的研究团队对肝细胞癌进行了深入研究。研究人员在HCC中鉴定了一种长非编码RNA(lncRNA),上调后会促进肿瘤转移,导致预后情况差。

     

    126月11日《American Journal of Human Genetics》刊登了中国科学院上海生命科学研究院计算生物学研究所徐书华研究组的研究成果。该项工作发展了一种搜寻人群特异拷贝数变异的新方法,检测到一段藏族特异的拷贝数缺失区域,并通过群体遗传学和生物信息学分析,推测该缺失区域可能是藏族适应高原低氧环境的关键遗传因素。

    新发表文章

     

     

    1
    癌症

     

    Exome-level comparison of primary well-differentiated neuroendocrine tumors and their cell lines.Boora GK et al.Cancer Genet. 2015 Apr 1

    -------------------------

    CIB1 depletion impairs cell survival and tumor growth in triple-negative breast cancer.Black JL et al.Breast Cancer Res Treat. 2015 Jun 2

    -------------------------

    Computational methods and resources for the interpretation of genomic variants in cancer.Tian R et al.BMC Genomics. 2015 Jun 18.

    -------------------------

    Genome-wide mutation profiles of colorectal tumors and associated liver metastases at the exome and transcriptome levels.Lim B et al.Oncotarget. 2015 Jun 1.

     

     

    2
    新方法技术

     

    Marrying microfluidics and microwells for parallel, high-throughput single-cell genomics.Wadsworth MH 2nd et al.Genome Biol. 2015 Jun 20

    -------------------------

    Quantitative assessment of single-cell whole genome amplification methods for detecting copy number variation using hippocampal neurons.Ning L et al.Sci Rep. 2015 Jun 19.

     

     

    3
    植物

     

    Transcriptome Response Signatures Associated with the Overexpression of a Mitochondrial Uncoupling Protein (AtUCP1) in Tobacco.Laitz AV et al.PLoS One. 2015 Jun 2

    -------------------------

    AtRTD - a comprehensive reference transcript dataset resource for accurate quantification of transcript-specific expression in Arabidopsis thaliana.Zhang R et al.New Phytol. 2015 Jun 25.

    -------------------------

    Ectopic expression of snapdragon transcription factors facilitates the identification of genes encoding enzymes of anthocyanin decoration in tomato.Tohge T et al.Plant J. 2015 Jun 2

    -------------------------

    Comprehensive Tissue-specific Transcriptome Analysis Reveals Distinct Regulatory Programs During Early Tomato Fruit Development.Pattison RJ et al.Plant Physiol. 2015 Jun 2

     

     

    4
    动物

     

    Ruminal Transcriptomic Analysis of Grass-Fed and Grain-Fed Angus Beef Cattle.Li Y et al.PLoS One. 2015 Jun 19.

    -------------------------

    Single Nucleotide Polymorphism in the Coding Region of Bovine Chemerin Gene and Their Associations with Carcass Traits in Japanese Black Cattle.Yamauchi E et al.Asian-Australas J Anim Sci. 2015 Aug.

    -------------------------

    Methylome Analysis in Chickens Immunized with Infectious Laryngotracheitis Vaccine.Carrillo JA et al.PLoS One. 2015 Jun 2

    -------------------------

    Transcriptome Response to Infraorbital Nerve Transection in the Gonadally Intact Male Rat Barrel Cortex: RNA-Seq.Orczyk JJ et al.J Comp Neurol. 2015 Jun 2

     

     

    5
    微生物

     

     

    Using specific length amplified fragment sequencing to construct the high-density genetic map for Vitis (Vitis vinifera L. × Vitis amurensis Rupr.).Guo Y et al.Front Plant Sci. 2015 Jun

     

     

    6
    其它研究

     

    Blind study evaluation illustrates utility of the Ion PGM system for use in human identity DNA typing.Churchill JD et al.Croat Med J. 2015 Jun 19.

    -------------------------

    RNA Sequencing for Identification of Differentially Expressed Non-Coding Transcripts During Adipogenic Differentiation of Adipose-Derived Stromal Cells.Luan A et al.Plast Reconstr Surg.2015 Jun 15.

    -------------------------

    FFAR3 modulates insulin secretion and global gene expression in mouse islets.Priyadarshini M et al.Islets. 2015 Jun 19.

    -------------------------

    The History of Pyrosequencing(®).Nyrén P et al.Methods Mol Biol. 2015.

    -------------------------

    Recent advances in functional assays of transcriptional enhancers.Babbitt CC et al.Genomics.2015 Jun 19.

    Powered by MetInfo 6.1.0 ©2008-2018 www.metinfo.cn