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    高通量测序服务
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      微生物基因组测序

      微生物广泛存在于自然界中,与人类的生产和生活息息相关。微生物生物多样性丰富,基因组具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点,因此很必要对微生物进 行全基因组测序,而且同动植物相比较在时间和成本上也容易实现。随着高通量测序技术的发展,从全基因组的水平上研究微生物的遗传进化、疾病预防控制、生物 工程技术等已成为微生物研究中的重要工具。高通量测序技术的应用大大降低了微生物全基因组测序的成本和时间,让更

      1. 详细信息

      微生物广泛存在于自然界中,与人类的生产和生活息息相关。微生物生物多样性丰富,基因组具有相对较小、重复序列较高、易于突变等特点,因此很必要对微生物进 行全基因组测序,而且同动植物相比较在时间和成本上也容易实现。随着高通量测序技术的发展,从全基因组的水平上研究微生物的遗传进化、疾病预防控制、生物 工程技术等已成为微生物研究中的重要工具。高通量测序技术的应用大大降低了微生物全基因组测序的成本和时间,让更多研究小组可以实现对微生物的全基因组序 列的测定。

       

      一、技术优势

      1、相比于一代测序技术,基于二代测序技术的微生物基因组测序具有实验周期短、测序通量高、测序成本低和信息含量大的优势;

      2、微生物基因组测序过程中利用ABI3730xl常规测序平台、Roche 454 FLX + 高通量测序平台和HiSeq 2500高通量测序三种平台联合应用,优势互补,在细菌基因组测序中能够实现测序成本最小化。

       

      二、技术路线

      图片关键词 

       图1 微生物基因组测序技术路线图

       

      三、生物信息分析

      1、框架图:采用Illumina PE测序技术,对基因组进行100×深度测序,根据序列组装结果,以获取基因组序列信息。一般框架图要求基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度达到98%以上,单碱基错误率低于十万分之一。

      2、 精细图:采用Roche 454 测序技术(40×)结合Illumina PE技术(100×)进行基因组测序,454长序列拼接获得Contigs,而MP的序列能寻找Contigs之间的关系,搭建Scaffolds。长序 列能极大降低对生物信息学的依赖,因此拼接结果也会更加准确。一般精细图可达到要求的基因组覆盖度大于98%,基因区覆盖度达到99%以上,单碱基错误率 低于十万分之一,gap数不超过100个。

      3、 完成图:细菌基因组完成图采用Roche 454 长片段测序技术(40×)结合Illumina PE技术(100×)获得基因组精细图,再借助ABI3730xl测序平台对整个基因组进行Gap Closing,得到基因组完成图。一般完成图可达到要求的完整基因组序列,单碱基错误率低于十万分之一,gap数不超过5个。

      图片关键词

      图2 微生物基因组生物信息分析流程图

      1、基本信息分析

      • 原始测序数据的质量评估以及低质量数据的过滤

      • GC含量与测序深度关系分析

      2、高级信息分析

      • 数据拼接及拼接效果评估

      • 基因预测( Glimmer3.0基因预测软件)以及功能注释(Nr,InterPro)

      • 非编码 RNA预测

      • GO、COG功能分类、KEGG代谢途径分析

      3、个性化分析

      • 基因家族分析(基因组进化树分析、SNPs、共线性以及重复片段分析)

      • 绘制基因组图谱

      • CRISPR预测

       

      四、送样要求

      1、提供测序数据进行高级信息分析要求

          具体情况咨询沟通

      2、细菌基因组样本要求

      • 请提供OD值介于1.8~2.0之间,浓度≥100ng/μl,总量大于25μg的基因组DNA,并确保DNA无降解,无污染。

      • 基因组完成图Gap Closing实验需要大量基因组DNA,请提供不少于50μg的样品DNA,浓度≥200ng/μl。

      • 样品保存期间切忌反复冻融。

      • 送样管务必标清样品编号,管口使用Parafilm膜密封。

      • 送样时使用干冰或冰袋运输。

      • 提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。

      3、真菌基因组样本要求

      • 请提供浓度≥200ng/μl,OD值介于1.8~2.0之间的DNA,样品浓度越高越好。

      • De novo测序获得精细图,若基因组大小介于10~45Mb之间,需提供至少100μg的DNA,若基因组大小大于45Mb,则需要200μg的DNA。

      • 重测序,DNA总量需≥10μg。

      • 样品采用冰袋或干冰运输,防止DNA降解。

      • 样品能否制备文库,以我们最后的检测结果为准。

      • 提供DNA电泳检测照片,用自封袋密封后随同样品一起送样。


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