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      LncRNA测序

      LncRNA测序 (Long non-coding RNA Sequencing)背景及概述长链非编码RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs)一般是指大于200 nt,没有编码蛋白潜能的RNA,位于细胞核内或胞浆中,以RNA形式在多种层面上(表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等)调控基因的表达水平,在生命活动中具有重要作用。 LncRNA测序采用去

      1. 详细信息

      LncRNA测序 (Long non-coding RNA Sequencing)

      背景及概述

      长链非编码RNAsLong non-coding RNAsLncRNAs一般是指大于200 nt没有编码蛋白潜能的RNA位于细胞核内或胞浆中RNA形式在多种层面上表观遗传调控、转录调控以及转录后调控等调控基因的表达水平在生命活动中具有重要作用。 LncRNA测序采用去rRNA的方法富集mRNAncRNA通过高通量测序并结合先进的生物信息学分析,可以发现大量新的lncRNA,同时结合mRNA信息,有助于lncRNA功能的深入分析,该技术目前已广泛应用于动植物的生长发育研究、器官形成研究,植物的环境压力应答和激素应答研究等领域

      技术参数

      产品

      策略

      推荐数据量

      周期

       

      LncRNA测序

       

      Illumina HiSeqTM 2500 PE125

      一般深度:12G Clean Data

      高深度:20G Clean Data

       

      50个工作日

      为了保证结果准确性,推荐设置重复或大样本数(≥5对样本)进行研究。

      技术路线

      样本提取总RNA后去除核糖体RNA,随机片段化后反转录合成cDNA的第一链,将dTTP替换为dUTP合成cDNA的第二链,之后降解含有“U”cDNA第二链,纯化后的双链cDNA经过末端修复、加“A”、加接头后进行PCR扩增,构建Illumina测序文库,文库检测合格后,进行高通量测序,详细过程如下图所示:

       

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      生物信息分析服务内容

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      产品优势

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      案例精解

      案例动物生长发育调控机制

      Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis(转录组测序鉴定斑马鱼胚胎发育相关的lncRNA.  Genome Research. 2012. IF=14.63

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      常见问题

      Q1:什么是长链非编码RNA?以及它们的作用?

      哺乳动物基因组序列的约5%~10%被稳定转录,蛋白质编码基因仅约占1%,其余4%~9%的序列都转录为非编码RNA。而非编码RNAnon-coding RNA)是指不能翻译为蛋白的功能性RNA分子。长链非编码RNA为这4%~9%中长度大于200nt的非编码RNA。它们的作用主要体现在四个方面:第一,影响周边基因的表达;第二,调控蛋白质活动及定位;第三,产生小分子RNA;第四,对其他RNA的调控作用。

      Q2:长链非编码RNA测序产品与转录组测序产品有什么差别?

      转录组测序产品采用poly(A)富集建库方式,而长链非编码RNA测序产品采用去rRNA的建库方式,可以最大限度的保留所有lncRNA,特别是部分没有poly(A)尾的lncRNA。因此,长链非编码RNA测序产品获得的RNA种类更多,一般测序深度更高,成本相对较高。

      Q3:长链非编码RNA与芯片方法对比增加了哪些内容?

      与芯片方法相比不仅可以进行已知lncRNA的分析,还可以进行新lncRNA预测;另外数据进一步可以进行mRNA表达定量,可变剪接、基因融合、SNVRNA编辑方面的分析。

      Q4:长链非编码RNA主要适用于哪些研究?

      LncRNA是肿瘤研究领域的热点,主要适用于癌症发生发展机理,早期诊断标志物寻找,癌症转移、复发及预后标志物、药物靶标筛选及调控机制,肿瘤耐药性等方面的研究。

      Q5:长链非编码RNA的建库方案是什么?

      长链非编码RNA建库主要采用核糖体RNA去除试剂盒去除rRNA后,构建链特异文库,有利于获得更全面的lncRNA信息以及正反义链表达转录本。

       

      送样要求

       

      样本类型

      细胞、新鲜组织或RNA样品。 

      样品量

      细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10μg以上的总RNA 

      样品质量

      RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥500 ng/μL28S:18S≥1.5RIN≥7 

      样品保存

      细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIzolRNA保护剂处理或液氮冻存后,-80保存。RNA样品可溶于RNA-Free的超纯水中,-80保存。样品保存期间避免反复冻融。 

      送样要求

      样品请置于合适大小的冻存管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50mL带盖离心管中,再将50mL管放在封口袋中。密闭的离心管内请勿放置液氮等以免温度变化引起爆裂。

      *其他类型样本:联系当地销售人员进行处理。


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