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    高通量测序服务
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      CircRNA测序

      CircRNA测序 (Circluar RNA Sequencing)背景及概述环状RNAs(circular RNAs, circRNAs)是一类特殊的非编码RNA分子,与传统的线性RNA(linear RNA,含5’和3’末端)不同,circRNA分子呈封闭环状结构,因此在细胞中不受RNA外切酶的影响,不易降解,表达更稳定。近年的研究结果表明,circRNA分子含有microRNA(

      1. 详细信息

      CircRNA测序 (Circluar RNA Sequencing)

      背景及概述

      环状RNAscircular RNAs, circRNAs是一类特殊的非编码RNA分子与传统的线性RNAlinear RNA5’3’末端)不同circRNA分子呈封闭环状结构,因此在细胞中不受RNA外切酶的影响,不易降解,表达更稳定。近年的研究结果表明,circRNA分子含有microRNAmiRNA)和RNA结合蛋白(RBP)结合位点,在细胞中起到miRNA海绵和反式作用因子的作用,在疾病的发生发展中发挥着重要的调控作用。目前,circRNA的研究刚刚起步,这类RNA的功能还有待进一步挖掘,因此是一个值得深入的研究方向,是未来癌症基础研究、临床诊断及药物研发等领域的研究热点

      技术参数

      产品

      策略

      推荐数据量

      周期

       

      CircRNA测序

      Illumina HiSeqTM 2500 PE125

      一般深度:10G Clean Data

      高深度:15G Clean Data

       

      50个工作日

      为了保证结果准确性,推荐设置重复或大样本数(≥5对样本)进行研究。

      技术路线

      样本提取总RNA后去除核糖体RNA,可以直接进行文库制备,或者为了能减少线性RNA的影响,获得低表达circRNA的信息,可以利用RNase R降解线性RNA,然后再纯化进行Illumina文库制备,文库检测合格后,进行高通量测序,详细过程如下图所示:

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      生物信息分析服务内容


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      产品优势

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      案例精解

      案例研究circRNA在神经系统的表达和功能

      Circular RNAs in the Mammalian Brain Are Highly Abundant, Conserved, and Dynamically Expressed[21](哺乳动物的大脑中环状RNA的表达和比较分析Mol Cell. 2015. IF=14.018.

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      常见问题

      Q1:什么是circRNA?以及它们的作用?

      环状RNA是一类广泛且多样地存在于多种生物体内(从古细菌、酵母到小鼠和人类等哺乳动物)、具有调控基因表达作用的内源性RNA分子,主要包括由外显子转录本构成的、经非线性反向剪接形成的内源性RNA分子和内含子来源的换装RNA分子等两大类。研究表明circRNA在转录后水平具有非常重要的基因表达调控作用,而且通常还具有组织或发育阶段的特异性表达。迄今为止被发现的功能主要包括:(1circRNA充当miRNA海绵,发挥内源性竞争RNAceRNAs)的作用;(2)和RBP结合形成核蛋白复合物(RPC),与线性转录本发生作用;(3)潜在的编码蛋白能力。

      Q2CircRNA主要适用于哪些研究?

      目前circRNA的计算发现和实验验证均处在不断发展的过程中,由于circRNA稳定及相对保守的特点,在癌症发生发展机理,早期诊断标志物寻找,药物靶标筛选等方面将会有巨大的研究价值和应用潜力。

      Q3CircRNA的建库方案是什么?

      提供两种方案:(1)主要采用核糖体RNA去除试剂盒去除rRNA后,构建链特异文库,有利于获得除circRNA外的更全面的ncRNA信息,进行环状转录本和线性转录本的比较分析;(2)在(1)的基础上再进行RNase R反应,去除线性转录本的影响,对circRNA进行富集。

       

      送样要求

       

      样品类型

      细胞、新鲜组织或RNA样品。 

      样品量

      细胞样品请提供至少1×107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供10μg以上的总RNA 

      样品质量

      RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥500 ng/μL28S:18S≥1.5RIN≥7 

      样品保存

      细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIzolRNA保护剂处理或液氮冻存后,-80保存。RNA样品可溶于RNA-Free的超纯水中,-80保存。样品保存期间避免反复冻融。 

      送样要求

      样品请置于合适大小的冻存管中,管上注明样品名称、浓度以及制备时间,管口使用Parafilm封口。在运输前将所有样品管固定于50mL带盖离心管中,再将50mL管放在封口袋中。密闭的离心管内请勿放置液氮等以免温度变化引起爆裂。

      *其他类型样本:联系当地销售人员进行处理。


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